Κάθε χρόνο, το Ίδρυμα Λοχαγού Φανουράκη,  χορηγεί με επιλογή,  πέντε υποτροφίες, για  μεταπτυχιακές, διδακτορικές, μεταδιδακτορικές ή ερευνητικές  σπουδές στην Ελλάδα και στο εξωτερικό διάρκειας έως 12 μηνών, σε νέους/ νέες που κατάγονται από  Κω ή Χάλκη, πτυχιούχους  Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων Πανεπιστημιακού Τομέα ή Τεχνολογικού Τομέα της ημεδαπής ή του εξωτερικού.

Η διαδικασία γίνεται μέσω αίτησης των ενδιαφερομένων κάθε Απρίλη στο Ίδρυμα (ανακοινώνεται μέσω των Μ.Μ.Ε) και με βάσει συγκεκριμένα κριτήρια, που εγκρίνονται όχι μόνο από το Δ.Σ αλλά και από το υπουργείο Οικονομικών.

Τα τελευταία χρόνια, οι αιτήσεις έχουν μειωθεί αισθητά, επισημαίνει ο πρόεδρος του Ιδρύματος κ.Κοσμάς Σφυρίου ο οποίος απηύθηνε έκκληση στους Κώους και στους Χαλκίτες φοιτητές να δείξουν μεγαλύτερο ενδιαφέρον, ώστε να μην μένουν αδιάθετα ποσά στον ετήσιο προϋπολογισμό, για παροχή υποτροφιών, από το Ίδρυμα Λοχαγού Φανουράκη.